過敏免疫及微菌叢中心透過懷孕母親及新生兒之腸道及皮膚菌相樣本之蒐集，從微生物菌相與過敏疾病發生的因果關係(cause-effect relationship)角度研究：
- 微生物菌相與嬰幼兒異位性皮膚炎在世代間所發生的變化與關聯。
- 維生素D與微生物群相間的交互作用是否會對過敏性疾病產生關鍵性影響力。
- 益生菌對腸道及皮膚菌相和包外分泌體microRNA的改變，及減少子鼠過敏氣喘或異位性皮膚炎的影響。
- 微生物菌相與黏膜免疫發炎疾病的關聯性，並應用到個人化精準醫療，建立判斷疾病預測性生物標靶和個人量身訂作專屬治療，提供臨床醫藥資訊分析報告、評估治療效果及後續追蹤，並開發新穎的人用益生菌來調節微生物菌相及預防及治療。
