中國醫藥大學附設醫院於民國九十五年二月規劃籌設本中心，並於同年六月正式成立「中國醫藥大學附設醫院分子醫學中心」 (Center for Molecular Medicine, China Medical University Hospital)。由中央研究院洪明奇院士擔任本中心榮譽主任，帶領本中心朝向世界頂尖的醫學研究中心邁進。

       本中心的研究主要涵蓋兩大方針：基礎生物學及轉譯醫學。藉由深入探討基礎生物醫學相關研究的分子機轉，推動基礎生物科技知識應用於臨床醫學研究，以預防及治療癌症相關疾病、增進國人健康為宗旨。

       本中心除與校院內其他研究團隊分享研究資源，提升本校院研究競爭力，並積極拓展與其他國內外大學及研究機構的交流合作，爭取國家型及大型研究計畫，培育未來科學研究領導人才，冀盼成為前瞻的、領先的研發機構與人才培育中心。